Professor Gärtner hat an der LMU in München Medizin studiert und seinen Facharzt für Innere Medizin gemacht. Anschließend absolvierte er eine Zusatzausbildung in Endokrinologie und Diabetologie (1987) und in Internistischer Intensivmedizin 1991. 

Seine Habilitation und Lehrbefugnis für Innere Medizin besitzt er seit 1987, seit 1993 ist er Professor. Seit Juli 1979 arbeitet er ohne Unterbrechung an der Universitätsklinik in München. 

Seine aktuelle Position ist Oberarzt der Klinik und Leiter der Ambulanz für Endokrinologie und Diabetes sowie zusätzlich Leiter der Internistischen Intensivstation.